Ein Sandsteinportal von 1913 mit barocken Stilelementen markiert den nur wenige Meter vom U-Bahnhof Leinestraße und östlich der Hermannstraße gelegenen Eingang des Friedhofs, in dessen Verwaltungsgebäude sich die Hauptverwaltung für die als Region Süd zusammengefassten Friedhöfe des Evangelischen Friedhofsverbandes Berlin Stadtmitte befindet.

Der 1865 als Alleequartierfriedhof angelegte Alte Friedhof St. Thomas ist denkmalgeschützt. Der Hauptweg wird von einer historischen Platanenallee mit Taxushecken gesäumt. Die Queralleen sind mit alten Fichten und Linden bepflanzt. Straßenseitig zur Rechten des Eingangs liegt die 1870 entstandene Friedhofskapelle, die derzeit denkmalgerecht saniert wird.

Sehenswerte Gräber sind u. a. die Ehrengräber des ehemaligen Berliner Oberbürgermeisters Robert Zelle (1829–1901) und des "Krücke" genannten "Berliner Originals" Reinhold Franz Habisch (1889–1964), der den Sportpalastwalzer mit seinen Pfiffen weltberühmt machte. Im hinteren Bereich des Friedhofs befindet sich eine Abteilung mit Gräbern der Opfer von Krieg und Gewaltherrschaft.

Im ehemaligen Blumenpavillon unweit des Friedhofseingangs dokumentiert eine Ausstellung das Leben der von Berliner Kirchengemeinden auf Friedhöfen beschäftigten Zwangsarbeiter während des Zweiten Weltkriegs. Ihre Lagerbaracke befand sich auf dem gegenüberliegenden Friedhof Jerusalem V, wo eine Gedenkstätte an das Geschehene erinnert. Zum Volkstrauertag findet jährlich eine gottesdienstliche Gedenkveranstaltung statt, zu der sich Vertreter/innen der vormals an der Zwangsarbeit beteiligten Gemeinden versammeln. Zum Friedhof St. Thomas gehört auch eine große Kriegsgräberanlage für Kriegstote beider Weltkriege.

Außerdem gibt es auf dem Friedhof seit 2016 ein Gräberfeld der Alevitischen Gemeinde zu Berlin e. V.

2018 wurde in der ehemaligen Leichenhalle das Friedhofscafé "21gramm" eingerichtet.

Seit Frühjahr 2020 sitzt die Hauptverwaltung der Region Süd in dem von CKRS Architekten entworfenen Bürogebäude an der Hermannstraße 184.

Der gegenüber, auf der Westseite der Hermannstraße gelegene Friedhof St. Thomas (neu) ist seit 2017 eine öffentliche Parkanlage, die den Namen Anita-Berber-Park trägt.